A partir de 1990 se proyecta con mayor énfasis en la prevención y promoción de salud comunitaria en las comunidades, y organiza grupos de agentes comunitarios voluntarios para implantar los planes institucionales de salud. Desde entonces las capacidades técnicas de los agentes comunitarios y de gestión de los comités de salud y directivas comunitarias constituyen elementos de sostenibilidad de las intervenciones en salud. En este período se inicia el proyecto de salud en el Comarca Aguas Amarillas, ubicada en el municipio de El Tuma-La Dalia, en el Departamento de Matagalpa.

En 1992, reorientó su accionar en la zona, asumiendo el compromiso de fortalecer el sistema de salud comunitario o sea la Red de agentes (parteras, líderes de salud, brigadistas). Para lo cual se elaboró un plan de capacitación de acuerdo al perfil epidemiológico de la población y las necesidades de capacitación que ellos mismos expresaron como expectativas personales. Se intensificaron las actividades de educación sanitaria y comunicación social en salud, presionadas a la vez por la presencia de cólera en el país y en la región en particular.

A partir de 1995, la organización integra en su accionar un componente de organización y participación comunitaria a favor de la gestión de salud. En muchas comunidades se establecen estructuras llamadas comité de salud en algunos lugares o comisiones comunitarias de salud en otros. Originalmente estas estructuras existían en función de apoyar las actividades que realizaban tanto agentes de salud, como las del equipo de salud combinado de A.M.C. y el MINSA.

En 1998 A.M.C. asume elementos estratégicos: el enfoque de género, la promoción de los derechos de la niñez y la mujer, el empoderamiento de la comunidad organizada en la gestión de su salud y de su desarrollo. A partir de Huracán Mitch, esto favorece que estos elementos estratégicos se vuelven ejes trazadores de todo el quehacer institucional de A.M.C.

Durante los años 2004-2006 A.M.C. incidió en salud y educación ante las autoridades regionales y municipales, promoviendo la salud como un derecho humano en las comunidades y la aprobación de un modelo de salud en la RAAS. Se consolidó una red de agentes comunitarios de salud, así como, la red de la Venta Social de Medicamentos y botiquines comunitarios. Se trabajó en coordinación con autoridades regionales, religiosas, escolares y comunitarias para la prevención de VIH y el SIDA. Con el Ministerio de Educación de algunos municipios, se inició para promover en las escuelas temas de la violencia doméstica y Seguridad alimentaria. A.M.C. incidió en la formulación y reformulación de leyes (y sus reglamentos) de interés público, especialmente en el área de salud. Se contribuyó en la atención eficaz de la situación de emergencia en Waspam, acompañando un proceso de rehabilitación y sentando las bases para un programa de desarrollo estratégico de este municipio. Se da inicio a un plan estratégico de desarrollo para el municipio de Waspam.

A.M.C. logra el reconocimiento de las agencias financieras por su efectividad y por el uso transparente de los fondos que se le asigna.

Entre los principales logros de A.M.C. se encuentran la disminución de mortalidad materna e infantil, el aumento de cobertura de agua potable y letrinas, un mil 650 voluntarios han sido capacitados en atención primaria en salud, 74 comunidades capacitadas ante emergencias y desastres, abastecimiento de equipos de rescate y más de 100 mil personas atendidas en más de once desastres naturales.